次氯酸鈉的殺菌消毒原理主要包括以下幾個方面：
1.次氯酸的氧化作用：次氯酸鈉在水中會水解生成次氯酸，即NaClO + H_2O ＝ HClO + NaOH。次氯酸不穩(wěn)定，會進一步分解產生新生態(tài)氧(O)，即HClO → HCl + (O)。新生態(tài)氧具有極強的氧化性，能夠使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而導致病原微生物死亡。
2.次氯酸的滲透作用：次氯酸分子小，不帶電荷，可滲透入菌（病毒）體內，與菌（病毒）體蛋白、核酸和酶等有機高分子發(fā)生氧化反應，或者破壞其磷酸脫氫酶，使糖代謝失調，最終致使細胞死亡，達到殺菌消毒的目的。
3.氯離子的作用：次氯酸產生出的氯離子能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使細胞喪失活性而死亡。