阻垢劑有酸性的，也有堿性的。
酸性阻垢劑通常含有有機酸、無機酸及其鹽類等酸性成分，如磺酸、檸檬酸、磷酸鹽、酸性磷酸鹽等，pH 值較低。酸性阻垢劑一般用于處理過硬的水質，例如高鈣、高硬度的地下水、自來水、井水等，通過溶解水中的碳酸鹽沉淀、硫酸鹽沉淀等，來清潔設備內部表面，并防止沉積物的堆積。在原水有碳酸鈣結垢傾向時，反滲透設備進水的 pH 值常調節(jié)為酸性，以控制碳酸氫根離子的水解析出碳酸鈣沉淀，所以酸性阻垢劑使用更為廣泛。
堿性阻垢劑含有堿金屬或堿土金屬的氫氧化物、弱堿性有機胺、多元醇等堿性成分，pH 值較高。其主要用于處理低硬度的地表水、海水淡化水、河水、湖水等，通過添加特定化學物質抑制碳酸鹽的沉淀和氫氧化物的形成，從而防止設備管路被腐蝕和堵塞。此外，堿性阻垢劑有殺菌抑菌作用，當地表水中微生物含量高時推薦使用。